برای نگهداری مایع تخم مرغ درون سردخانه باید آن را در دمای ۶۰ درجه سلسیوس برای ۳٫۵ دقیقه پاستوریزه کرد.

بسته به هدف فراوری، به مایع تخم مرغ می‌توان ۱۲-۲ درصد شکر و یا نمک خوراکی افزوده و به ترتیب در ۶۷ و ۶۴ درجه سلسیوس به مدت ۳٫۵ دقیقه پاستوریزه کرد.

الف) نگهداری در سردخانه و در هوای معمولی :

تخم مرغ ها در سردخانه در حرارتی معادل ۱/۵- تا ۲/۲- درجه سانتیگراد نگهداری می شوند. در این درجه حرارت محتویات تخم مرغ یخ نمی زند.  بایستی سعی شود که درجه حرارت در سردخانه به طور ثابت کنترل شود. رطوبت لازم در سردخانه بین ۸۰ تا ۹۰ درصد است و متوسط رطوبت نسبی حدود ۸۵ درصد توصیه می گردد. هرچه درجه حرارت کمتر باشد مقدار رطوبت نسبی بالا می رود. اگر رطوبت سردخانه بالا و حرارت نیز زیاد باشد رشد کپک ها آغاز می شود و در چنین شرایطی روی تخم مرغ ها با لایه ای از کپک پوشیده می شود. رشد کپک ها در رطوبت نسبی ۹۵ درصد بسیار زیاد و در رطوبت نسبی ۸۵ درصد رشد آنها بسیار ناچیز است. لذا رطوبت نسبی مناسب در سردخانه حدود ۸۵ درصد توصیه می گردد ولی در این حد رطوبت نسبی مقدار کمی آب از تخم مرغ تبخیر می شود و سبب کاهش وزن آن می گردد.

یخ روی تخم مرغ ها بایستی به آرامی ذوب شود تا از تجمع آب در سطح تخم مرغ به صورت قطره جلوگیری شود و رشد میکروب ها متوقف گردد. توصیه می شود تخم مرغ ها در مدت ۱۸ تا ۲۴ ساعات گرم شوند. این روش، روش مناسبی نیست زیرا در مدت ذخیره تغییراتی در محتویات تخم مرغ بوجود می آید. مثلا با بالا رفتن مدت نگهداری مقدار آمونیاک موجود در تخم مرغ بالا می رود.

ب) نگهداری در سردخانه در هوای حاوی گاز کربنیک:

افزودن گاز کربنیک به هوای سردخانه مانع از فساد تخم مرغ می گردد. افزودن گاز کربنیک مانع از خارج شدن گاز کربنیک داخل تخم مرغ می گردد و در نتیجه pH تخم مرغ ثابت باقی می ماند. هر چه حرارت سردخانه بیشتر باشد مقدار گاز کربنیک بیشتری برای ثابت نگهداشتن pH تخم مرغ لازم است. در حرارت صفر درجه حدود ۲ درصد گاز کربنیک کافی است. گاز کربنیک مانع از مایعی شدن سفیده تخم مرغ می شود. البته هرچه مقدار گاز کربنیک بیشتر باشد چسبندگی سفیده نیز بیشتر خواهد شد.

گاز کربنیک مانع رشد باکتری ها بخصوص عده ای از باکتری های دسته Proteus و Pseudomonas می گردد و مانع از فساد تخم مرغ می شود. ولی تعدادی از باکتری های گروه های فوق در مقابل گاز کربنیک مقاومت دارند و در مجاورت گاز کربنیک نیز به رشد خود ادامه می دهند. گاهی اوقات نیز از گاز اوزون استفاده می گردد، زیرا قدرت اوزون در جلوگیری از رشد کپک و باکتری ها بیشتر از گاز کربنیک است. مقدار توصیه شده گاز اوزون حدود ۶/ ۰ تا ۱/۵ قسمت در میلیون است و اگر غلظت آن بیشتر از این مقدار باشد باعث تغییر مزه تخم مرغ می گردد.

برای بسته بندی تخم مرغ از جعبه های مقوائی استفاده می گردد. ظرفیت این جعبه ها ۱۲،۶ و یا ۱۸ تخم مرغ است . بیشتر مرغداران ازشانه تخم مرغ استفاده می کنند. ظرفیت این شانها ۳۰ تخم مرغ است تعداد زیادی از این شانها در یک کارتن جا می گیرد. کارتن های مورد استفاده اغلب مقوایی هستند. هنگام بسته بندی قسمت پهن تخم مرغ ها بایستی به طرف بالا باشد، در غیر این صورت در اثر فشار سفیده، کیسه هوا پاره می شود و سفیده وارد آن می گردد.